Geležinkelio ruože kelyje Vilnius-Kaunas geležinkelio kelias bus rekonstruojamas jį pritaikant greičiui iki 160 kilometrų per valandą. Darbams Kauno-Kaišiadorių ruože reikės 426,8 mln. litų, iš kurių 304,9 mln. litų - ES parama. Šiame ruože bus rekonstruojamos geležinkelio linijos, atnaujinami seni tiltai ir pralaidos bei statomi nauji, platinama geležinkelio sankasa, sutvirtinami šlaitai. Taip pat bus įrengiamos kompiuterinės centralizacijos, stotyse ir tarpstočiuose keičiami lauko signalizacijos elementai, atnaujinama visuomenės informavimo sistema.

Logistikos centrų sukūrimas kainuos 307,3 mln. litų, jiems bus skiriama beveik 220 mln. litų ES paramos. Numatoma parengti trijų viešųjų logistikos centrų techninę dokumentaciją ir sukurti reikiamą infrastruktūrą - nutiesti privažiuojamuosius geležinkelių ir automobilių kelius, įrengti krovininių automobilių stovėjimo aikšteles, kitus infrastruktūros objektus.

Taip pat numatoma modernizuoti geležinkelio ruožus keliuose Šiauliai-Klaipėda ir Radviliškis-Pagėgiai, Vilniaus ir Kauno geležinkelio aplinkkelius, įrengti bendrą geležinkelio eismo valdymo centrą, atnaujinti infrastruktūros diagnostikos sistemą.