Valstybės kontrolė, atlikusi 2007–2013 m. Europos Sąjungos (ES) struktūrinės paramos panaudojimo valdymo ir kontrolės sistemos veikimo efektyvumo bei 2011 m. Europos Komisijai deklaruotų 4,6 mlrd. Lt išlaidų auditą, pateikė išvadą, kad valdymo ir kontrolės sistema atitiko ES reglamentuose nustatytus reikalavimus ir veikė efektyviai.

Užtikrinant, kad ES struktūrinė parama būtų panaudojama tinkamai, teisės aktuose yra nustatyti reikalavimai ES struktūrinės paramos valdymo ir kontrolės sistemai (VKS), kurios veikimą prižiūri tiek nacionalinės, tiek ir ES audito institucijos. Atsižvelgiant į ES struktūrinės paramos administravimo patirtį ir audito institucijų pateiktas rekomendacijas, ši sistema yra nuolat tobulinama.

Glaudus VKS institucijų bendradarbiavimas tarpusavyje, jų taikomos prevencinės priemonės, paramos gavėjų informavimas, ugdymas ir bendradarbiavimas su Valstybės kontrole bei kitomis audito institucijomis užtikrina tinkamą VKS veikimą ir ES struktūrinių fondų administravimą.

ES struktūrinės paramos administravimo sistemoje Valstybės kontrolė yra išorės auditorius, kuris kasmet pertikrina ne mažiau kaip 5 proc. Lietuvos tais metais Europos Komisijai jau deklaruotų lėšų.