Lietuvos pirmininkavimo ES Tarybai biudžetą planuojamas itin atsakingai, siekiant kuo efektyviau panaudoti lėšas ir pirmininkauti taupiai. Mūsų šalis iš biudžeto pirmininkavimui planuoja skirti  mažiau nei išleido dauguma anksčiau pirmininkavusių valstybių (Lietuva trejų metų laikotarpiui numato išleisti iki 214 mln. litų). Ruošdamasi pirmininkavimui ES Tarybai 2013 m. Lietuva atidžiai analizuoja jau pirmininkavusių šalių patirtį, todėl vyko konsultacijos su Belgija, Vengrija, Lenkija ir ką tik pirmininkauti pradėjusia Danija.

Turimais duomenimis 2005 m. ES Tarybai pirmininkavusio Liuksemburgo biudžetas buvo 345 mln. Lt, 2006 m. Suomijos biudžetas siekė 260 mln. litų, 2007 m. pirmininkavusios Portugalijos – 230 mln. litų, 2008 m. pirmininkavusios Slovėnijos – 215 mln. litų, 2009 m. pirmininkavusios Čekijos – 414 mln. Lt, 2011 m. pirmininkavusios Lenkijos išlaidos – 383 mln. Lt.

Svarbu pažymėti, kad ES šalys taiko nevienodą pirmininkavimui ES išleistų lėšų skaičiavimo metodiką. Suplanuotas Lietuvos pirmininkavimo biudžetas pasižymi  tuo, kad jame atspindėtos visų ministerijų ir kitų institucijų, dalyvausiančių pirmininkavimo procesuose, veiklos ir toms veikloms reikalingas finansavimas. Lietuva ES pirmininkaus pirmą kartą ir todėl iš anksto ir atsakingai ruošiasi atlikti šią svarbią pareigą. Lietuvos  pirmininkavimui planuojamos skirti lėšos yra tikslinės, todėl negalės būti panaudotos kitoms valstybės institucijų veikloms finansuoti.

Dauguma pirmininkavusių valstybių, ypač ES senbuvių,  paprastai nurodo tik centralizuoto biudžeto išlaidas (pavyzdžiui, didžiųjų susitikimų organizavimui), o atskirų institucijų vykdomų veiklų išlaidos, tokios kaip sektorinių renginių, ekspertų lygio susitikimų, nuolatinės atstovybės Europos Sąjungoje plėtros ar saugumo užtikrinimo finansavimas į šias sumas neįtraukiamos. Pavyzdžiui, šiuo metu pirmininkaujanti Danija nurodo pirmininkavimui – susitikimų organizavimui ir komunikacijai – skirsianti apie 35 mln.,  tačiau į šią sumą neįskaičiuoja Danijos ministerijų iš einamųjų metų asignavimų pirmininkavimui skiriamų lėšų. Lietuva susitikimų organizavimui ir komunikacijai numato išleisti mažiau lėšų – 20,7 mln. EUR.

Lyginant su ES naujokėmis, pirmininkavimo patirtį turinčioms šalims apkarpyti pirmininkavimo biudžetą paprasčiau, pavyzdžiui, jos turi pakankamai tinkamos kvalifikacijos ekspertų ir materialinę bazę, tokią, kaip erdvias patalpas Briuselyje – jos reikalingos, kai susidoroti su per pirmininkavimą padidėjusiu krūviu maždaug dvigubai išauga nuolatinės atstovybės ES personalas.